「다운타운 열혈이야기」로부터 조금 뒤의 이야기......　
소동의 무대가 된 「냉봉학원」에는, 주위의 고등학생들이 두려워하는 「냉봉 사천왕」이 존재하고 있었다.
그 정점이자 두목으로서 군림하는 남자, 코바야시 마사오.
그에게는 또 다른 얼굴이 있었다.

코바야시는 중학교 시절 조우한 「어떤 사건」을 계기로 한 청년, 미조구치와 만나고 있었다.
사실, 미조구치는 미래에서 온 「시공관리관」으로,
이 시공의 질서를 어지럽히는 「악의 조직」을 뒤쫓고 있었다.

코바야시의 안에 「어떤 힘」의 편린을 발견한 미조구치는,
둘이서 「악의 조직」의 괴멸을 위해 함께 행동한다.

그러던 어느 날, 코바야시의 친구가 「악의 조직」에 유괴되어 버린다.
평정을 유지하는 듯한 코바야시였지만, 그의 내면은 분노로 불타고 있었다.
친구를 구하기 위해, 그리고 조직을 괴멸시키기 위해, 코바야시는 「악의 조직」에 맞서는 것이었다!!